世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类只能住在天空中的浮游都市里。之后，以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士诞生了。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是拥有“黑之剑圣”称号的S128特务小队的王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人的轻蔑与厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的进击，现在启动！