该片是福克斯《X战警》系列电影的终结篇。琴·葛蕾意外吸收了来自太空的宇宙能量，不仅没死，反而变得更加强大，接着琴一路发现自己身世的真相，失控之后，让跟着那股宇宙能量来到地球的外星人有机可乘。为了拿回那股宇宙能量，外星人领导史密斯抓着琴的“身份认同”问题，挑拨她与X战警间的矛盾。随着琴的失控，面对“毁灭黑凤凰”还是“拯救琴”的艰难抉择，X战警分崩离析，走向分裂。为了对抗这位黑化的昔日挚友、同时也是宇宙最强的变种人，他们不得不拼尽全力，迎接这场没有胜者的战争。