变种人的故事依然在延续。此前，成功越狱的反派“万磁王”依然跟X战警作对。而且，在新故事当中，他再不是独来独往，更有了一班邪恶帮手和他共同将邪恶进行到底。而另一个重要角色琴·格雷博士出人意料地在上一部牺牲之后又再次复活了。并且变成了最可怕的“黑凤凰”，琴·格雷不但堕入黑暗，而且还拥有了极具破坏性的超能力，对整个地球和全人类都构成了巨大的威胁......