第二季的故事发生在第一季结束八年后。乔纳森·派恩（汤姆·希德勒斯顿 饰）化名亚历克斯·古德温，是一名在伦敦秘密运营一支监视小组的低级军情六处官员。然而，一次与一位老罗珀（休·劳瑞 饰）雇佣兵的偶然相遇，将派恩卷入了一项与哥伦比亚商人泰迪·多斯·桑托斯（迭戈·卡尔瓦 饰）有关的高强度新任务。在这次新任务中，派恩结识了罗克萨娜·博拉尼奥斯（卡米·莫罗内 饰），这位女商人勉强帮助派恩打入泰迪在哥伦比亚的军火公司内部。